Heterokromatin je dio kromatina koji se tamno boji i ostaje spiraliziran u interfazi kada je
osnovna masa kromatina despiralizirana i svijetlo obojena (eukromatin).
Na heterokromatin otpada manji dio ukupne mase genoma stanice, siromašan je genima i kasno
replicira svoju DNA.
Ovisno o promjeni stanja tijekom razvoja organizma razlikujemo dvije vrste heterokromatina i to fakultativni i strukturni
heterokromatin. Strukturni heterokromatin je prisutan na oba člana jednog homolognog para
kromosoma, dok je fakultativni heterokromatin rezultat promjene stanja jednog od homologa
dok drugi zadržava eukromatinske karakteristike kao primjerice X kromosom u somatskim stanicama
osoba ženskog spola.
